El 1 de febrero de 1997 se pone en marcha el Servicio Diocesano de Archivos, dependiente orgánicamente de la Delegación Diocesana de Patrimonio Histórico Cultural, con el fin de unificar la política archivística de la diócesis e implantar un sistema de gestión integral de todos los archivos diocesanos. A partir de 1997, se dan los pasos necesarios para la implantación del sistema de gestión integral de los archivos de la diócesis de Bilbao, integrando al Archivo Histórico existente como pieza fundamental, donde ha de llegar toda la documentación de conservación permanente.
